ליישובי מרחב התפר, חשיבות מכרעת הן בשמירת קרקעות המדינה והן בפיתוח כלכלי וחברתי של אזורי הספר, עם זאת, לעתים, היחס לו זוכים ישובים אלו אינו עולה בקנה אחד עם ייעודם הלאומי.

בהחלטות מועצת מקרקעי ישראל נקבעה התייחסות למעמדם של יישובי מרחב התפר כאזור עדיפות לאומית.

בהחלטה 972 הקובעת, בין היתר, הוראות מעבר להחלטה 737 בעניין הרחבות למגורים באגודות ישובים חקלאיים, זכאיים יישובי מתחם התפר לתנאים להם זכאים יישובי אזורי עדיפות לאומית א' וקו עימות. ההוראות החלטה 972 קובעות כי ""יישובי מתחם התפר" הינם ישובים המוגדרים ככאלה על ידי ממשלת ישראל ביום אישור הוראות המעבר אלו במועצת מקרקעי ישראל".

כמו כן, בהחלטה מס' 1226 שעניינה "החכרת קרקע למטרות תעסוקה במשבצות ישובים חקלאיים", זכאים יישובי מרחב התפר לאותן ההטבות להן זכאים ישובים המצויים באזור עדיפות לאומית ב' הן ביחס להיקף קרקע אשר ניתן להקצות לתעסוקה והן ביחס לשיעור דמי שימוש.

גם לפי החלטה 959 שעניינה "בניה למגורים באגודות ישובים חקלאיים שהם מושב עובדים כפר שיתופי, מושב שיתופי, קיבוץ, או אגודה שיתופית חקלאית", מעמדם של ישובי מרחב התפר זהה למעמדם של ישובים באזורי עדיפות לאומית א' ו-ב' ביחס להטבה הניתנת להם בצורת גודל המגרש בתוכנית הבניה למגורים.

כך לדוגמא יש לנהוג לפי דעתנו בישובי מרחב התפר כבישובי אזורי עדיפות לאומית א' ולא לדרוש מחברי הקיבוצים ערבות בנקאית כלשהי כתנאי לאישורי היתרי בניה בשטח המחנה.