להלן נוסח הנחיה שהוצא על ידי מר מיכאל גל, מנהל תחום חקלאות ברשות המיסים בעניין "הסכם בעניין הלוואת ביסוס שנתנה הסוכנות לקיבוצים":

"הסוכנות היהודית (להלן "הסוכנות") נתנה למתיישבים חדשים לקבוצים הלוואות לביסוס עיסוקים בתחום החקלאות.

ההסכם בין הסוכנות והקיבוצים קבע מראש כי 75% מהלוואת הביסוס מהווה חוב מותנה, כאשר קבוץ יחזיר 25% מההלוואה, 75% יהפכו למענק.

הקיבוצים בדוחות שהוגשו לשלטונות המס , דרשו הוצאת מימון בגין ההלוואה כולה, בטענה כי כל עוד 25% מההלוואה לא הוחזר ההתחייבות לתשלום בריבית על מלוא ההלוואה מתקיימת.

עמדת רשות המיסים הייתה כי אין כל הגיון כלכלי לא להחזיר 25% מההלוואה על מנת להנות ממענק של 75%. פקידי השומה נדרשו להתיר ריבית סוכנות רק בשיעור 25% ו 75% מההלוואה לראות כמענק פטור כאמור בסעיף 3 (ב) (4) לפקודת מס הכנסה.

בעקבות עסקת תנובה חלק מהקיבוצים ישתמשו בכספים שיתקבלו מהעסקה להחזיר חלק מההלוואה. על פי מידע (מצורף) בעיתון גלובס נחתם הסכם שלפיו הסוכנות תוותר על 12.5% נוספים מההלוואה, כלומר סך כל החזר הלוואה יעמוד 12.5%.

לאור האמור לעיל יש לתאם הוצאות מימון לקבוצים המופעים הרשימה כדלהלן:

א. אם לא נעשה כל תאום, יש לתאם 87.5% מהריבית ו 87.5% מההלוואה לקזז מהפסד מעסק.

ב. אם 75% מהריבית תואמו יש לתאם 12.5% נוספים ולקזז 12.5% מההלוואה מהפסד מעסק.

רשות המיסים קובעת כי הוצאות המימון ביחס לחלק שלא צפוי להיפרע, בראיה רטרוספקטיבית, לא יותרו בניכוי לצרכי מס.

נציין כי קיימות עמדות משפטיות שונות על פיהן בהתבסס על הסכם הלוואות הסוכנות יש להתיר את מלא הפרשי ההצמדה והריבית.